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ももかは転校が多く、どこの学校でも「新しい子」だった。しかしアオギリ高校での初日が変わる。武装した見張り番に助けられ、カモノハシに襲われ、銃を持つ女性兵士の秘密組織に強引に入れられる。実は学校のサバイバルクラブだが、カモノハシは本物だ。

横須賀女子海洋学校を含む4つの海洋高校の生徒たちが、武装した海の要塞を操る海賊が日本へ向かうのを阻止する作戦に参加する。その最中、真白は重大な決断に直面する。それは、艦長として新しい船の指揮を執るか、それとも晴風と仲間たちに留まるかというものだった。