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ナナミ・シンプソンは少女で、幼くして母親を失い、父親スコット・シンプソンと一緒に海洋研究船ペペロンチーノで暮らします。父親は海洋生物学者で、光るクジラという生物を探しています。その骨を発見した父親は悲しみ、生物保護と保護へと使命を変えることを決意します。

竹切りの翁が森で竹の中から赤ん坊を発見し、妻のおうなとともに姫として育てることにします。その子・かぐやは常人離れした速度で成長し、並外れた美しい女性へと変わります。翁は同時に金を発見し、これにより一家は富裕層へと身分が上がります。かぐやは多くの求婚者から求められるようになります。

ユースケは嵐の後、ジェットスキーで赤ちゃん恐竜を発見する。父親に見せ、二人で飼うことにしてクーと名付ける。しかし、6500万年前の生物に興味を持つ他の勢力が現れる。