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数百年前、人類は巨人にほぼ滅ぼされた。巨人は通常数階建てもの高さで、知能がなく人間を貪食し、最悪なことに食料源ではなく快楽のためにそうする。生き残った少数の人類は、最大の巨人より高い壁で守られた城塞都市内に身を隠していた。

産業革命の時代、鉄の層に守られた心臓を突き通さなければ倒せない怪物が現れた。この怪物は噛みついて人間に感染させ、攻撃的で不死の生物「甲鉄」を生み出す。遠東の島ヒノモトでは、人々はこれらの生物から身を守るため駅を築いた。

謎の生命体ガドルによって人類は絶滅の危機に瀕した。生き残った人間は、3000メートルの移動要塞デカダンスに住み、ガドルの脅威から身を守っている。デカダンスの住民は、日々ガドルと戦う戦士「ギア」と、戦闘能力を持たない「タンカー」の二つの階級に分かれている。

ガストレア・ウイルスが猛威を振るい、感染者は急速に変異して段階的に新たな力と能力を獲得する。感染者は他者を攻撃・殺害・感染させ続ける。防衛者までも敵に変える不可抗力のパンデミックに対抗できない人類は、巨大モノリスに囲まれた都市へ撤退を余儀なくされた。

ソレイは人間には見えない精霊・セラフィムに囲まれて育った少年。昔すべての人間がセラフィムを見ることができたという伝説を信じ、その謎を解き明かし、人間とセラフィムが平和に共存できる世界を作る夢を持つ。ある日、ソレイは初めて人間の首都を訪れ、予期しない事件に巻き込まれていく。

西暦2020年、人間を食べる怪物「他者」が現れた。これに対抗するため他者抑圧隊が組織される。幼少期にこのエリート部隊に救われた超能力者ユイトは、入隊のため訓練に耐える。一方、天才少女カサネはその能力で抜擢される。しかしカサネの夢は奇妙なことを語り、二人を避けられない運命へ導く。

サン・マグノリア共和国が開発した無人戦闘機「ジャガーノート」は、隣国ギアド帝国の自律型無人機「軍団」の攻撃に対抗するために造られた。しかし無人というのは名目だけで、実際には「86」と呼ばれる人間以下の者たちが操縦している。彼らは単なる道具として扱われている。謎めいた目的を遂行しようと決意した主人公は、この状況に立ち向かっていく。

30年前、人類の3分の2を滅ぼした悪夢はウイルスではなく、全く異なる規模の奇妙な昆虫が原因だった。この昆虫は被害者を半人間の生物に変異させ、急速に進化して暴れ狂う巨大怪物になる。しかし、怪物のような昆虫がいかに圧倒的でも、人類はゴキブリのように強く生き残った。そして城戸のような駆除人たちが立ち上がる。

ある日、美咲市に異世界への門が突然開く。地球の兵器に無敵な「近界民」と呼ばれる異星人が次々と現れる。地球の唯一の防衛線は「トリガー」という武器を装備した謎の組織「ボーダー」である。四年後、街は初期の攻撃から回復し、美咲市民は近界民の攻撃に慣れ始めていた。

1973年以来、BETAと呼ばれる宇宙人の侵略により、人類の文明は崩壊寸前に追い込まれている。圧倒的な敵戦力に対抗するため、人類は戦術機という大型人型兵器を開発し、世界中の防衛線に配備した。しかし、これらの努力は敗北を遅延させるだけで、BETAの進軍は止められず、人類は領土放棄を余儀なくされている。