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父親が殺された後、流子は犯人を探して放浪していた。唯一の手がかりである父の発明品・半分のハサミ刃を求めて、彼女は名門本能字学園に到着する。この高校は普通ではなく、冷徹な学生会長・鬼龍院皐月と、彼女の強力な部下である精鋭四天王によって支配されていた。

1944年、正体不明の飛行物体「ネウロイ」が世界を脅かしていた。従来の防衛手段では対抗できず、人類は美しい脚を持つ空中戦闘部隊に希望を託す。彼女たちは第501統合戦闘航空団「ストライクウィッチーズ」。標準的な制服は着用していないが、彼女たちはネウロイとの戦いで人類最後の希望となる。

謎の組織「パンサークロー」が東京で暗躍し、警察を困らせていた。一方、コスプレ姿の正体不明の女性がパンサークローの悪行を次々と阻止していた。彼女はハニー・キサラギ。故・キサラギ教授が生み出した傑作実験の産物である。変装の達人である彼女は、パンサークローの陰謀に立ち向かう。