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サンマグノリア共和国は隣国ギアーデ帝国の無人兵器「レギオン」の侵攻に長年苦しんでいた。共和国は独自に無人機を開発し、一方的な戦いを「犠牲者なき戦争」と発表する。しかし、それは嘘だった。壁の内側では、85区画の市民が守られているが、実際には「86」と呼ばれる人々が、壁の外でレギオンと戦っていたのだ。

第三次世界大戦は終結し、上条当麻は姿を消した。一方、一方通行はラストオーダーや御坂美琴（ワースト）と共に日々を過ごしていた。志々尾はロシアで得た秘密を交渉材料にしていた。しかし、新入生たちの登場により、その平和は長くは続かない。