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平凡な高校生・菜月昴は異世界に迷い込み、銀髪の美しい少女に救われる。彼女への恩返しのため側にいることにしたが、彼女が背負う運命は想像を超えていた。敵が次々と襲いかかり、二人は殺される。その時、昴は死を巻き戻す力を持つことに気づく。

藤沼悟は29歳の漫画家で、デビュー後も鳴かず飛ばずの状態が続いていた。だが、彼の人生で困っていることはそれだけではない。悟は死亡事故や災害を防ぐため、事件発生前の時間へ強制的に戻される超能力を持っていた。その後、彼はある大きな事件に巻き込まれ、人生が大きく変わっていく。

ある夜、14歳の鹿目まどかは悪夢を見る。破壊された街を背景に、少女が恐ろしい存在と戦う姿を目撃し、猫のような魔法生物がまどかに契約を求める。翌日、その夢が現実になりかけ、まどかは魔法少女になることを決意する。

15人のエリート高校生が特別な進学校に集められた。卒業すればほぼ人生の成功が約束されるが、卒業は極めて困難である。学園はクマのモノクマが統治しており、彼は生徒たちに卒業するには殺人を犯す必要があると説明する。唯一の卒業方法は、クラスメイトの一人を殺すことなのだ。