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結晶生命体「フォスフォフィライト」が生きる世界。宝石たちは、装飾品にしようと襲い来る月人から身を守るため戦っていた。最も脆いフォスフォフィライトは戦いを望むが、代わりに世界の博物誌編纂を命じられる。退屈な仕事と思われたが、それは孤立するシンシャとの出会いをもたらした。フォスの探求は、世界の秘密と自身の可能性を解き明かしていく。

宇宙人の襲来により、侍は職を失い刀も奪われた。そんな時代に、元侍の坂田銀時は、どんな仕事でも引き受けて生計を立てる。時に尊厳を失いながらも、彼は様々な依頼に奮闘する。

サンマグノリア共和国は隣国ギアーデ帝国の無人兵器「レギオン」の侵攻に長年苦しんでいた。共和国は独自に無人機を開発し、一方的な戦いを「犠牲者なき戦争」と発表する。しかし、それは嘘だった。壁の内側では、85区画の市民が守られているが、実際には「86」と呼ばれる人々が、壁の外でレギオンと戦っていたのだ。

第三次世界大戦は終結し、上条当麻は姿を消した。一方、一方通行はラストオーダーや御坂美琴（ワースト）と共に日々を過ごしていた。志々尾はロシアで得た秘密を交渉材料にしていた。しかし、新入生たちの登場により、その平和は長くは続かない。