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2005年、地下から現れた宇宙怪物ゾンダーが東京を襲撃する。対抗手段は秘密機関「ガッツ星人ガード」と、究極兵器の巨大ロボ「ガオガイガー」のみ。パイロットのガイ・獅子王は、2年前の宇宙での事故で致命傷を負った元宇宙飛行士だった。

第1シーズン後、レツとゴーは「TRFビクトリーズ」というチームを結成した。水国トキチ、J、高波亮が参加し、一緒にワールドカップを目指す。このカップには世界中のチームが参加し、NAアストロレンジャー（アメリカ）、アイゼンウルフ（ドイツ）、ロッソエストラーダ（イタリア）などが出場する。

ある日、運命を変える力を持つ「六欲」と呼ばれる6枚のカードが誕生した。6人の戦士が選ばれ、それぞれがカードを手にする。彼らを待つのは「運命の衝突」。互いに戦い、最後に生き残った者の願いは何でも叶えられるという。病弱な妹を助けたい青年・妙道アキナは、この戦いに参加することを決める。

ガッツ星人警備隊がゾンダー帝国と31体の原始獣を倒した後、新たな脅威が地球に現れる。GGGは獅子王凱と新型ガオファイガーを率いて、フランスの同盟組織シャッセールと協力し、悪の組織バイオネットに立ち向かう。シャッセールの一員には、かつてのバイオネット改造人間で執拗にバイオネット滅亡を追求するレネ・カーディフ獅子王がいる。